در طول صدها سال گذشته مسجد کبود بارها تخریب و بازسازی شده است. این مسجد در زمان سلطان احمد برای نخستین بار مورد بازسازی قرار گرفته است. این مسجد به دست چنگیزخان در سال 1220 میلادی در جنگی حوالی این منطقه تخریب شده است و «سلطان حسین میرزا» درقرن پانزدهم آن را بازسازی کرده است.
در زمان «سلطان حسین» گنبد و ضریح در این مکان ساخته می شود. وی در ابتدا چندین ساختمان و بازار را در این شهر احداث کرده است.
ضریح مسجد از کاشی ساخته شده و در میان صحن فراخی قرار دارد که چهار در بزرگ دارد که همه از کاشی است. صحن مسجد هم دارای چهار در است در چهار سو و رو به روی هم که هر کدام رو به خیابانی باز می شود. در جلوی در ورودی رواق بزرگی قرار دارد که سقف آن پوشیده شده است و در آن جا نماز جماعت اقامه می شود.
هم اکنون درهای مسجد همچون ضریح آن در وضعیت خوبی به سر می برد و بعد از سال 1910 به مسجد قبرستانی افزوده اند که قبر بسیاری از رهبران سیاسی و دینی در آن جا قرار دارد و همین امر باعث شده تا این مکان را توسعه یابد.
∎